臺式掃描電鏡觀測具備高低落差的三維樣品，比如粉末顆粒、腐蝕斷面、凹凸結構試樣時，會出現局部區域聚焦清晰，而高低落差位置畫面虛化模糊，無法同時將凸起與凹陷部位的細節完整呈現，降低三維形貌的觀察效果。不同設備物鏡光闌規格、工作距離調節區間不一樣，面對同一份高低起伏樣品，景深表現會存在明顯差別。

掃描電鏡的景深和物鏡光闌孔徑、工作距離兩大核心參數強相關，選用大孔徑光闌、工作距離設置過短，會直接造成景深變淺，樣品表面輕微的高度變化就會脫離聚焦平面，出現一部分清晰一部分虛化。部分操作人員為追求更高分辨率，一味縮短工作距離，忽略樣品本身的形貌起伏，就很容易出現該類現象。樣品自身起伏落差過大，超出當前參數下的景深容納范圍，也會造成無法全域清晰成像。加速電壓參數匹配不當，過高或者過低都會改變電子束的會聚角度，間接影響景深表現。另外像散沒有完成充分校正，會進一步放大虛化現象，原本的景深不足問題會被疊加惡化。樣品擺放傾斜角度不合理，高低結構朝向探測器的角度失衡，不同位置二次電子產出量差異大，也會加重視覺上的清晰度不一致問題。