電子束光刻機加工大面積圖形時，多個子寫場拼接位置出現臺階、線條錯位，相鄰寫場圖形無法平滑銜接，拼接處出現斷線或者重疊，大面積陣列結構加工良率降低，微納結構連續性遭到破壞。不同品牌型號電子束光刻機載臺編碼器精度、運動控制算法、場畸變校正參數存在差異，拼接誤差的控制上限與校正能力各不相同。

拼接誤差首要來自載臺運動定位偏差，載臺移動過程受環境振動、溫度變化影響，臺面產生微小位移與形變，編碼器讀數和真實位置出現偏差，子寫場的物理坐標產生偏移。單寫場內部存在固有場畸變，偏轉線圈掃描非線性、像散、場曲等像差，造成寫場邊緣圖形坐標偏移，多寫場拼接時誤差累積，原本獨立的子寫場邊緣圖形無法對齊。對位標記識別異常，標記對比度不足、標記表面存在污染物，導致圖像識別提取坐標出現偏差，套刻計算基準失真，后續拼接坐標計算出現系統性偏移。版圖分場切割策略不合理，寫場邊界圖形排布密集，鄰近效應在拼接區域疊加，圖形發生額外曝光偏移，進一步放大錯位缺陷。環境溫濕度持續波動，設備底座、腔體、載臺金屬部件發生熱脹冷縮，引入緩慢的位置漂移，長時間曝光任務中拼接偏差會逐步累積。載臺運動啟停時的慣性沖擊、臺面負載不均勻，也會造成單次定位存在微小偏差，多次分場曝光之后，拼接缺陷會變得更加顯著。